В виду возможности такого исхода переговоров, он предлагал замедлить передачу нашего проекта, "дабы иметь время привести в исполнение некоторые уже начатые мероприятия, направленные к усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке, что, в свою очередь, окажет влияние на японскую притязательность". После некоторых изменений внесенных в столице, проект был передан японскому правительству 20 ноября и, как предвидел Алексеев, не удовлетворил Японию, которая, не выжидая уже результатов дальнейших переговоров, перешла от слов к делу.
24 декабря 1903 года Алексеев телеграфировал в СПб о целом ряде мероприятий японцев, несомненно, свидетельствовавших об их намерениях занять Корею и установить над нею протекторат. Придавая этому готовившемуся событию, значение большой и серьезной опасности для нас в военном отношении, Алексеев, "не с целью вызвать вооруженное столкновение, а исключительно в видах необходимой самообороны", предлагал принять ряд предохранительных мер, направленных к поддержанию равновесия в стратегическом положении сторон, нарушаемомоккупацией Кореи: или,
- 1-е, объявить мобилизацию в войсках Дальнего Востока и Сибири, ввести в Маньчжурии военное положение для удержания страны в спокойствии, обеспечения целости Китайско-Восточной ж.-д. и подготовки сосредоточения войск и занять войсками нижнее течение Ялу; или,
- 2-е, довести до военного состава и начать перевозку в Иркутск 2-х армейских корпусов, предназначенных для усиления войск Дальнего Востока. Одновременно с тем принять меры по подготовке к мобилизации остальных подкреплений и объявить на военном положении Маньчжурию и приморские крепости (Порт-Артур и Владивосток) для немедленного приведения последних в полную боевую готовность. В ответ на эти предложения, Алексеев получил 30 декабря 1903 года через Военного министра следующие указания: с началом высадки японцев в Корее объявить Порт-Артур и Владивосток на военном положении; приготовиться к мобилизации и приготовить к выдвижению на корейскую границу отряды для прикрытия сосредоточения наших войск в Южной Маньчжурии.
Вместе с тем ему указывалось принять все меры к тому, чтобы на корейской границе непроизошло каких-либо столкновений, которые могли бы сделать войну неизбежной. В целях во что бы то ни стало избежать разрыва с Японией, в СПб решено было "насколько возможно продолжать обмен взглядов с токийским кабинетом", и посему через Алексеева отправлен был в Токио третий по счету нашпроект соглашения с Японией.
Ознакомившись с ним, Алексеев тотчас же, 20 января 1904 года, телеграфировал: "непрекращающиеся военные приготовленияЯпонии достигли уже почти крайнего предела, составляя для нас прямую угрозу". Поэтому "принятие самых решительных мер с нашей стороны для усиления боевой готовности войск на Дальнем Востоке не только необходимо в целях самообороны, но, может быть, послужить последним средством избежать войны, внушая Японии опасения за благоприятный для нее исход столкновения".
Поэтому он полагал необходимым тотчас же объявить мобилизацию войск на Дальнем Востоке и в Сибири, подвезти войска к району сосредоточения и решительными действиями нашего флота воспротивиться высадке японских войск в Чемульпо.
В ожидании ответа на эти насущные запросы Алексеев вывел порт-артурскую эскадру на внешний рейд практически в полном составе, дабы по получения согласия Петербурга на свои предложения, не теряя ни минуты двинуть флот наш к берегам Кореи.
24-го января им была получена из Министерства Иностранных Дел депеша лишь с извещением о разрыве дипломатических сношений с Японией. Не содержа никаких практических, реальных указаний, как надлежит трактовать этот факт, и что следует делать, депеша говорила лишь о том, что ответственность за последствия, которые могутпроизойти от перерыва дипломатических сношений, остается на Японии.
25 числа он получил, наконец, краткую информацию из военного Министерства, что... ответ на его предложения будет дан в течение суток! Поэтому вице-адмиралу Старку было дано устное указание иметь эскадру полностью готовой к выходу к Чемульпо немедленно по получении приказа от наместника. В этом и кроется причина запрета штабом эскадры на постоновку противоторпедных сетей кораблями в трагическую ночь начала войны, повлекшего столь печальные последствия.
Ожидавшийся ответ адмирал Алексеев получил из СПб лишь 27 января, когда японцы начали уже военный действия и бомбардировали Порт-Артур! Причем он вновь был составлен столь расплывчато и не определенно, что его положения можно было трактовать как, с одной стороны, перекладывание на плечи Наместника бремени окончательного решения, так и с другой, желательности избежать международной ответственности за инициативу открытия враждебных действий.
Оглядываясь назад, становится очевидным, что имея в виду ясно выраженное Государем горячее желание Его "избавить Россию от ужасов войны", адмирал Алексеев лишен был возможности что-либо предпринять. Он должен был проявить крайнюю осторожность в своих действиях, чтобы посылкою эскадры к Корейским берегам не повести к вооруженному столкновению с Японией, которого в Петербурге избегали до самого последнего момента.
Такое отношение Алексеева к депеше министерства иностранных дел, полученной им 25 января, нашло себе затем подтверждение в правительственном сообщении о разрыве дипломатических сношений, успокоительно заявлявшем, что таковой не означает еще начала войны. В общем, роль Алексеева в ходе переговоров с Япониейограничилась лишь совещательным участием его в них и ролью передаточной инстанции дипломатических бумаг, которыми наше Министерство Иностранных Дел обменивалось со своим представителем в Токио и с токийским кабинетом.